На кафедре научно-исследовательская работа осуществляется в соответствии с ежегодно утверждаемыми планом научно-исследовательской деятельности университета, планами научно-исследовательской деятельности кафедр. Программой стратегического развития кафедр на 2020-2024 годы определены следующие приоритетные направления развития научных исследований:
- Научное обоснование семеноводства овощных культур в условиях Чуйской долины. Руководитель темы: Эргешова К., исполнитель: Орынтаева К.Б.
- Изучение семенной продуктивности перспективных сортов томата и перца в условиях изменения климата. (Межкафедральная тема). Руководитель темы: Осмоналиева К.Н., исполнитель: Султанбаева В.А.
- Испытание и оценка созданных в ЮУНИИСК сортов и гибридов картофеля в условиях Кыргызстана с целью передачи адаптивных сортов на государственное испытание для внесения в Реестр селекционных достижений, допущенных к использованию на территории Кыргызстана. Исполнители темы: Асаналиев А.Ж., Султанбаева В.А., директор Департамента по экспертизе сельскохозяйственных культур Айдаралиев Т.Ж.
На кафедре ведется научно-исследовательские работы 5 аспирантов 4 соискателей и докторанты. Руководители д.с.-х.н. и.о. профессора Асаналиева А.Ж. и к.б.н., и.о профессора Джунусова К.К.
Сотрудниками кафедры только за последние десятилетие опубликовано более 200 научных работ, включая монографии, методические указания и пособия по актуальным вопросам современных методов производства важнейших сельскохозяйственных культур.